Parafia została erygowana, 9 X 1435 r., przez bp. chełmskiego Jana Biskupca i należała do diecezji chełmskiej. Na przełomie XVIII i XIX w. była przejściowo, razem z całym okręgiem zamojskim, w granicach diecezji przemyskiej, a później włączono ją do diecezji lubelskiej. Od w. XVII należała do dekanatu zamojskiego, od 1978 r. w ramach zamojskiego nowomiejskiego, a obecnie w granicach dekanatu krasnobrodzkiego. Została uposażona przez właściciela dóbr Łabunie, Adama Oleśnickiego, jak również przez Wawrzyńca, właściciela Komarowa i Ercharda, właściciela majątku Wierzbie. W ciągu wieków granice parafii uległy znacznemu uszczupleniu na skutek powstawania nowych placówek. Jeszcze w okresie przedrozbiorowym powstała filia w Komarowie, którą później zamieniono na samodzielną parafię. Następnie, w wyniku podziału parafii łabuńskiej po I wojnie światowej, utworzono parafię Krynice, a po II wojnie światowej trzy kolejne miejscowości przyłączono do nowej parafii Św. Krzyża w Zamościu, dwie do Cześnik i do Jarosławca.
Parafia wiele zawdzięczała kolejnym właścicielom miejscowego majątku – oprócz wyżej wspomnianych należy wymienić Zamoyskich, Tarnowskich i Szeptyckich.
W życiu religijnym w dawnych czasach pewną rolę odgrywało bractwo różańcowe, a później trzeci zakon św. Franciszka (ci ostatni roztoczyli również opiekę nad chorymi). Mówiąc o życiu religijnym należy wspomnieć o rozwijającym się od końca XIX w. kulcie św. Antoniego. Zapewne wpłynęło na to przeniesienie w 1866 r. z kościoła bernardynów w Radecznicy cudownego obrazu św. Antoniego. Kult swoim zasięgiem obejmował sąsiednie parafie.
Teren ten dawniej zamieszkiwali również katolicy obrządku unickiego. Posiadali oni swoją świątynię w Łabuńkach, którą później przeniesiono do Zamościa. Po kasacie unii w 1875 r. zmuszano grekokatolików do przejścia na prawosławie.
Istniejący, na terenie dawnego parku pałacowego w Łabuniach, kurhan kryje szczątki powstańców z 1863 r. – obecnie własność Sióstr Franciszkanek Misjonarek Maryi. Szczególnie należy podkreślić II wojnę światową. We wrześniu 1939 r. toczono tutaj walki z wojskami niemieckimi (opór Polaków pod Barchaczowem). 23 IX 1939 r. Niemcy dokonali aresztowania miejscowych duszpasterzy: ks. Stawiarskiego i ks. M. Giermakowskiego. Oprócz tego były liczne inne aresztowania i wreszcie, w 1942 r., wysiedlenie Polaków z Łabuń i czterech sąsiednich wiosek. Katolikom odebrano kościół. Dopiero jesienią 1943 r. gestapo zezwoliło pozostałej ludności na utworzenie kaplicy w Wólce Łabuńskiej (była to stodoła Sęka). Taki stan rzeczy trwał do lipca 1944 r. Na terenie parafii od 1922 r. istnieje klasztor Franciszkanek Misjonarek Maryi.